décembre 2, 2020

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Le taux de reproduction de l’épidémie est enfin en baisse, notre carte de France

La dynamique de l’épidémie stagne. Selon le dernier score hebdomadaire de Santé publique France, publié jeudi 5 novembre, les estimations du taux de reproduction du virus «R» ont fondu de 1,38 à 1,30 entre le 26 octobre et le 1er novembre. Cette baisse est la première enregistrée depuis fin septembre: entre le 1er et le 29 octobre, le taux effectif a bondi de 0,88 à 1,38. L’estimation reproduite sur notre carte est faite à partir des visites aux urgences pour un suspect de Covid-19 (données Oscour).

Santé publique France publie également un autre indicateur, indexé sur les hospitalisations (données SI-VIC), également en baisse de 1,42 à 1,31. En revanche, les données SI-DEP, qui reposent sur des tests effectués en laboratoire, sont absentes du point épidémiologique du 5 novembre, car les chiffres n’ont pas été remontés à temps. Ce retard technique est dû au volume important de tests effectués la semaine dernière, détaille Santé publique France, promettant que la mise à jour sera effectuée prochainement.

Cette absence appelle à la prudence, même si les trois indicateurs affichent régulièrement des tendances similaires. Le taux de reproduction «R» permet de calculer le nombre de personnes infectées par un individu porteur du virus. Lorsque le «R» dépasse 1, les scientifiques pensent que l’épidémie progresse. À l’inverse, un taux inférieur à 1 indique une diminution de la contamination.

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Nouvelle Aquitaine et Normandie en déclin

Dans le détail, cinq régions ne bénéficient pas de la baisse nationale du taux de reproduction. La Bourgogne-Franche-Comté (de 1,49 à 1,54), le Centre-Val de Loire (de 1,35 à 1,49) et le Grand-Est (de 1,54 à 1,56) enregistrent des résultats en hausse. L’augmentation la plus spectaculaire se produit en Pays-de-la-Loire (de 1,23 à 1,41) et en Bretagne (de 1,15 à 1,33).

A l’inverse, 8 régions affichent des chiffres encourageants. Auvergne-Rhône-Alpes (de 1,51 à 1,38), Corse (de 1,32 à 1,22), Hauts-de-France (de 1,35 à 1,26), Île-de-France (de 1,24 à 1,13), Occitanie (de 1,39 à 1,24 ) et Provence-Alpes-Côte-d’Azur (de 1,49 à 1,36). La Nouvelle-Aquitaine (de 1,57 à 1,36) et la Normandie (de 1,34 à 1,16) ont enregistré les baisses les plus importantes. Les régions où le virus circule le moins sont désormais l’Ile-de-France et la Normandie, tandis que la Bourgogne-Franche-Comté et le Grand-Est prennent la tête de ce classement peu enviable.

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Une semaine de contamination record

Même si le taux de reproduction de l’épidémie est en baisse dans tout le pays, il est encore trop tôt pour être optimiste. La plupart des lumières sont toujours dans le rouge et la contamination atteint maintenant des niveaux records. 326 000 nouveaux cas ont été confirmés cette semaine, contre 273 000 la semaine précédente. Les décès sont également en hausse (+ 45%) ainsi que les hospitalisations (+ 43%). De plus, les chiffres datant du 26 octobre au 1er novembre, il est difficile d’en tirer les leçons de l’efficacité du confinement, mis en place depuis vendredi 30 octobre.

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Cependant, le taux de reproduction reste un indice pertinent pour mesurer l’évolution de l’épidémie, car il indique une tendance à la contamination. Le «R» est également utilisé par l’Institut Pasteur dans les modèles qu’il réalise pour les experts chargés de conseiller le gouvernement, y compris le Conseil scientifique.

Simuler la durée du confinement

De son côté, l’application AntiCovid maintient son optimisme en affichant un taux de reproduction de 1,1. Ce chiffre n’a pas été mis à jour depuis le 31 octobre, mais cette estimation reste bien inférieure au R effectif annoncé par Santé publique France dans les points épidémiologiques du 29 octobre et du 5 novembre. Interrogé sur cet écart, le ministère de la Santé n’avait pas encore réagi au le moment de la publication de ces lignes.

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Les différents indicateurs sur l’épidémie se sont également révélés inspirants pour certains ingénieurs. Guillaume Rozier, spécialiste de l’informatique informatique, a ainsi développé CovidTracker, un outil capable de simuler la durée de confinement en fonction du taux de reproduction “R”. Grâce à un programme accessible gratuitement en ligne, l’utilisateur peut saisir la valeur du R effectif pour les semaines à venir et ainsi estimer si l’objectif de 5 000 cas quotidiens, fixé par le gouvernement, sera bientôt atteint. Dans la simulation la plus optimiste, avec un taux qui s’effondrerait à 1,2 la semaine prochaine puis à 1 la semaine suivante, la durée du confinement serait de 5 semaines, soit jusqu’au 17 décembre.